تعدادی از دروس رشته فناوری اطلاعات سلامت به صورت تئوری و تعدادی به صورت عملی درقالب دوره کارآموزی ارائه می‌شوند. دروس این رشته شامل: دروس کامپیوتر، پزشکی، کدگذاری، بیمه، دروس مدیریتی، فناوری اطلاعات سلامت، زبان، آمار و پروژه تحقیق می‌باشند. در این بین مباحث مربوط به کامپیوتر، نظیر برنامه نویسی،گرافیک و… و همچنین مبحث روش تحقیق هم به صورت تئوری و هم عملی ارائه می شوند.

مقطع کارشناسی این رشته آمیخته‌ای از تمام مباحثی است که فراگیران این رشته باید از آن‌ها اطلاع یابند اما با ادامه مسیر و ورود به کارشناسی ارشد و phd، بنا به رشته انتخابی و علایق افراد، مباحث رنگی مدیریتی یا فناورانه و سیستمی به خود گرفته و جزئی‌تر می‌شوند.

گذراندن دوره طرح برای دانشجویان رشته فناوری اطلاعات سلامت، اختیاری است.